Varyant Analizi
Varyant Analizi

SARS-CoV-2'nin Genetik Varyant Analizi Ne Anlama Geliyor?

SARS-CoV-2 pandemisinin seyri boyunca klinik, bilimsel ve halk sağlığı sistemleri sık sık yeni viral genetik varyantlarla karşı karşıya kaldı. Her biri medyanın dikkatini çekti, bilim camiasından bir dizi tepki aldı ve hükümetlerden ya “sakin olun” ya da “hızlı önlem almalıyız’’ uyarıları geldi. Örneğin dikkat çeken ilk “D614G’’ değişikliğinin önemi konusunda şüpheci olunsa da, "UK varyantı (B.1.1.7)" endişe yarattı, son olarak da omicron varyantı ile “Acaba pandemi endemiye dönebilir mi?’’ sorusu gündeme geldi. Hangi varyant analizi yapmak, hangisinin önemli olduğunu ve nedenini anlamak, SARS-CoV-2'nin genomik epidemiyolojisinin anlaşılması ve takibi için önemlidir.

Mutasyonlar, Varyantlar ve Yayılma

Mutasyonlar, viral replikasyon (üreme, çoğalma) sırasında doğal olarak ortaya çıkar. RNA virüsleri tipik olarak DNA virüslerinden daha yüksek mutasyon oranlarına sahiptir. Gerçekte corona virüsler, çoğu RNA virüsünden daha az mutasyon yapar çünkü replikasyon sırasında yapılan bazı hataları düzelten bir enzimi kodlarlar. Çoğu zaman yeni ortaya çıkan bir mutasyonun kaderi, doğal seçilim tarafından belirlenir. Viral replikasyon, bulaşma veya bağışıklıktan kaçış açısından rekabet avantajı sağlayanların sıklığı artar ve avantajsız olanlar ise kaybolur. Elbette mutasyonların sıklığı tesadüfi olaylara bağlı olarak artıp azalabilir.

Mutasyon ve varyant sıklıkla aynı anlamda kullanılsa da ayrımları önemlidir. Mutasyon, gen dizisindeki değişikliği ifade eder. Varyant ise mutasyonların neden olduğu yeni bir tipi tarif eder. Varyant, belirgin şekilde farklı bir fenotipe sahiptir (örneğin, antijenite, iletilebilirlik veya virülansta bir farklılık). Varyantlar bir veya birkaç mutasyona sahip olabilir. Örneğin omicron varyantında 40’a yakın mutasyon vardır.

Varyantları test etmenin önemi

Yeni varyantların tespit edebilmesi çok önemlidir. Bunun yapılabilmesi için virüslere gen dizi analizi yapılır. Yeni bir SARS-CoV-2 varyantı ile karşılaşıldığında da bazı soruların değerlendirilmesini önemlidir: varyantın sahip olduğu mutasyonlar bulaşıcılık, yayılma, testlerden kaçma veya hastalık yapma özelliklerini değiştirdi mi? Bu sorulardan herhangi birinde değişiklik olduğunda tespit edilen varyant ‘’endişe verici varyant’’ olarak etiketlenir ve epidemiyolojik takip için dolaşımda ne kadar oldukları izlenir. Ama tedavi veya hasta yaklaşımında değişiklik olmayacağı için her hastaya hangi varyant ile enfekte olduğu konusunda bilgi verilmesi gerekmez.

Laboratuvarımızda arzu edildiği taktirde bilinen mutasyonlarla (N501Y (alfa), L:452R(delta), S:A67V(omicron)) ‘’endişe verici varyant’’lar taranmaktadır. Bunun amacı,  taranan mutasyonlarla uyumlu olmayan ve farklı tipte varyantların tespit edilebilmesi ve gerekirse dizi analizlerine alınması veya kliniği alışılmışın dışında bir semptom ile seyreden hastalarda farklı varyant araştırılmasıdır. 

Laboratuvarımızda kullanılan SARS-CoV-2 PCR testlerinde virüsü tespit etmek için 3 farklı gen bölgesi çalışılmaktadır. Sıkça değişikliğe uğrayan spike proteinlerini kodlayan S bölgesi tarama dışında bırakılmıştır. Bu SARS-CoV-2 PCR’ın yeni varyantlarında test performansımızın etkilenmediği anlamına gelir. Gelecekteki SARS-CoV-2 mutasyonları tanımlandıkça da yeni varyantları belirlemek ve öğrendiklerimizi bilim ve halk sağlığı topluluklarıyla paylaşmak için çalışmaya devam edeceğiz.

Her hakkı saklıdır © DÜZEN SAĞLIK GRUBU POLİKLİNİĞİ
Prof. Dr. Ahmet Taner Kışlalı Mah. 2400 Cad. No: 2 Çayyolu-Çankaya/ANKARA Tel: (0312) 240 02 22 Faks: (0312) 240 07 72